Яичник сильно варьирует как по форме, так и по размерам. Чаще он имеет округлую форму, но может быть овальным или поперечно-овальным.
Он располагается кпереди от семенников. Матка состоит только из одной восходящей ветви; у разных видов она неодинаково развита и содержит от нескольких штук до нескольких тысяч яиц. Желточники располагаются по боковым сторонам тела, доходя до его заднего конца. Позади семенников они расширяются и у многих видов заполняют пространство за семенниками (Drepanocephalus, Euparyphium, Microparyphium, Рaryphostomurn и др.).
Передняя граница желточников у большинства представителей располагается на уровне брюшной присоски или немного позади нее, и только у некоторых видов родов Petasiger, Balfouria они начинаются в зоне кишечного разветвления, а у Echinochasmus, Chaunocephalus и Pegosomum — на уровне фаринкса. Некоторое исключение представляет род Cloeophora, у представителей которого желточники начинаются позади семенников, а также Pelmatostomum и Aporchis, у которых желточники не достигают заднего конца тела.
На основании собственных исследований, проведенных на массовом материале, мы пришли к выводу, что размеры семенников и яичника сильно варьируют, в то время как размеры половой бурсы более константны.
Размеры яиц у эхиностоматид, судя по данным Бивер (1937), различны как в зависимости от возраста паразита (у молодых особей наибольшее колебание в размерах яиц), так и от вида хозяина.