Половая система. Половые отверстия расположены медианно в промежутке между развилком кишечника и брюшной присоской.
Семенники обычно лежат во второй половине тела, по срединной линии, один за другим, наискось друг к другу или симметрично. Форма семенников может быть весьма разнообразной. Чаще они имеют продолговато-овальную или округлую форму; иногда семенники могут быть лопастными (Drepanocephalus, Microparyphium, Paryphostomurn, Cleophora), ветвистыми (Reptiliotrema, Artyfechinostomum) или имеют неправильную форму. Строение концевого участка мужского аппарата имеет существенное значение в систематике эхиностоматид.
Половая бурса овальной или грушевидной формы; она достигает различных размеров. У представителей рода Himasthla она сильно развита и простирается далеко за брюшную присоску, в то время как у других эхиностоматид она расположена или перед брюшной присоской или заходит только за ее передний край. Внутри бурсы располагаются семенной пузырек, иногда подразделенный на две части (Рaryphostomurn, Echinochasmus и др.), простатическая часть, семяизвергательный канал и циррус. Циррус варьирует в размерах и в некоторых случаях вооружен шиггиками (Himasthla, Acanthoparyphium, Рaryphostomurn и др.).
Женская половая система характеризуется отсутствием семяприемника; его заменяет расширенный отдел матки — маточный семяприемник (receptaculum seminis uterinum). Судя по данным Эдвардса (1927), у Paryphostomum radiatum в качестве семяприемника функционирует лауреров канал.