Цикл развития Isoparorchis trisimilitubis полностью не расшифрован. Кобаяши считал, что промежуточным хозяином является моллюск Melania libertina, в теле которого развиваются цистофорные церкарии, относящиеся будто бы к этой трематоде.
Фактически, как то выяснил Ямагути (1934), это предположение оказалось ошибочным, так как кишечные стволы у церкариев от Melania сливаются в своей задней части, что не соответствует диагнозу Isoparorchis. Таким образом, промежуточный хозяин остается пока невыявленным.
Вопросом биологической связи дефинитивного хозяина этой трематоды с промежуточным занимались Ямагути (1934) в Японии и Балерао (1936) в Индии.
Isoparorchis trisimilitubis обнаруживается у одних рыб в половозрелой, а у других—-в незрелой стадиях. Половозрелые стадии паразита локализуются в плавательном пузыре, а незрелые — в разных органах, включая мускулатуру, брюшную полость, печень и др.
Рыбы, в которых локализуются незрелые формы, могут условно считаться дополнительными, а может быть, и резервуарными хозяевами этой трематоды.
Паркер нашел в 1910 году незрелые формы этого паразита в мышцах рыбы Barbus tor. Балерао считает, что трематоды, рисунки которых имеются в работе Соутуэлла и Прашада (Prashad) в 1918 году, обнаруженные в латеральной мускулатуре рыбы Ophiocephalus striatus, относятся тоже к молодым формам Isoparorchis trisimilitubis.
Кобаяши нашел незрелые экземпляры этой трематоды в полости тела Parasilurus asotus, Pseudobagrus aurantiacus, Hypomesus olidus и Richardsomus hakonensis. Вследствие их локализации в полости тела, Кобаяши предположил, что церкарии этого паразита, развившиеся в моллюске (но его мнению, вероятно, в Melania), попадают в упомянутых выше рыб, прободают пищевод или кишечник, проникают в полость тела и в плавательный пузырь Parasilurus asotus или Pseudobagrus aurantiacus, где развиваются до половой зрелости, не проникая в дополнительного хозяина.