Наконец, изменения в процессе эволюции строения пищеварительной системы горгодерид главным образом коснулись фаринкса и лишь частично кишечных ветвей.
Фаринкс и сильно извитой с крупными дивертикулообразными выростами кишечник наблюдались у анапоррутин, тогда как у более молодых в филогенетическом отношении филлодистоматин и горгодерин фаринкс редуцируется, а кишечник приобретает форму простой трубки. Наличие фаринкса у более древних в филогенетическом отношении анапоррутин указывает на их родство с турбелляриями, для которых этот орган играл важную роль для захвата пищи.
После перехода турбеллярий к паразитическому образу жизни и дальнейшей их эволюции фаринкс еще сохранялся у моногенетических и некоторых дигенетических трематод. Но затем он начал редуцироваться. Подобное же явление наблюдалось и у горгодерид. Приспособившись к паразитированию у селяхий, первые горгодериды еще имели фаринкс, как известный филогенетический признак, унаследованный от моногенетических трематод и турбеллярий.
Но поскольку никакой необходимости в выворачивании фаринкса и захватывании пищи не было, этот орган, первоначально возникший у турбеллярий, потерял свое значение у некоторых дигенетических трематод. Вследствие этого, после перехода горгодерид от селяхий к костистым рыбам и еще большей приспособленности паразитов к условиям питания в мочевых органах рыб, фаринкс редуцировался. По той же причине упростилось и строение кишечных стволов. Таким образом, изменение миграционных путей паразита в теле дефинитивных хозяев привело к созданию новых условий, способствующих, в свою очередь, созданию и новых адаптивных признаков у горгодерид.