Матка одним концом соединена с оотипом, а другим — с женским половым отверстием.
У всех анапоррутин и плезиохорин и у некоторых филлодистомин, кроме того, имеется семяприемник, а у большинства горгодерин и филлодистомин — лауреров канал. Яичник у всех горгодерид находится позади брюшной присоски, между ветвями кишечника; точно так же и желточники у филлодистомин и горгодерин расположёны между кишечными ветвями, тогда как у анапоррутин они лежат кнаружи от кишечных стволов. Яйца горгодерид, за исключением, некоторых видов анапоррутин, с гладкой оболочкой, без рудиментарного филамента. Только у некоторых анапоррутин на одном из полюсов яйца имеется филамент в виде шипика, как у шистозоматид, но не столь хорошо развитый, как у моногенетических сосальщиков.
Нервная система состоит из двух ганглиев, расположенных позади ротовой присоски и соединенных комиссурами. От каждого ганглия отходит кпереди и кзади по три нервных ствола, соединенных между собой кольцевыми комиссурами. Согласно наблюдениям Синицына (1905), у филлодистом и горгодер насчитывается тринадцать поперечных комиссур. В связи с расположением поперечных комиссур, чувствительных бугорков и пламеневидных клеток выделительной системы,
Синицын различает у горгодерид тринадцать более или менее равнозначных участков тела трематод, которые он называет «сегментами». Эти «сегменты» распределяются следующим образом: «между ротовой и брюшной присоской находятся три сегмента, в области брюшной присоски — три сегмента и, наконец, в задней части тела — остальные семь сегментов. Соответственно этой сегментации распределены по поверхности тела и чувствительные бугорки: каждому сегменту соответствует свой бугорок из системы боковых и, кроме того, в первых шести сегментах — по два брюшных бугорка.