При этой стадии болезни доминирующее явление — процесс восстановления с замещением полинуклеаров мононуклерами и образованием рубцовой ткани.
Прилегающая к рубцам печеночная ткань может обнаруживать явления сдавливания, являющегося следствием продуктивного воспаления. Этим может объясняться и увеличение органа в поздних стадиях болезни. Отмечаются значительные отложения пигмента (гематина). Печоночные клетки сами по себе могут выглядеть нормально или обнаруживать жировую инфильтрацию в различных стадиях. Сильное развитие рубцовой ткани может вызывать хронический застой в кровеносной системе или закупорку желчных капилляров.
Таким образом, конечным результатом процессов, разыгрывающихся в печени при японском шистозоматозе, может явиться портальный цирроз и продуктивно-воспалительные процессы, ведущие к образованию рубцов. В отличие от кишечного шистозоматоза, вызванного S. mansoni, при японском шистозоматозе выступают на первый план ряд явлений, зависящих, по мнению Фауста и Мелени, от значительно более интенсивной яйцекладки Sck. japonicum. При данном заболевании существенное значение имеет цирроз печени и его последствия (резко выраженный асцит) и увеличение селезенки.
Мезентериальные вены и помимо тех, в которых локализуются паразиты, могут быть тромбированы. Такие тромбы могут быть и в селезеночной вене и явиться существенным фактором сильного увеличения печени, наблюдающегося в некоторых случаях.