Фактическое нарушение целости мышечного слоя слизистой оболочки происходит в процессе дальнейшего развития болезни от подслизистой вверх, что позволяет яйцам с заключенными в них мирацидиями выйти во внешнюю среду.
Основные патологические изменения происходят вокруг яйца. В ранних случаях псевдотуберкулы образуются только в подслизистой оболочке, а в более подвинувшейся стадии именно там локализуется наибольшее число узловатых поражений. Эти поражения распространяются на подсерозный слой, но их можно встретить также везде, хотя, главным образом, в тех частях, которые особенно обильно снабжаются кровью. Узлы наблюдались между продольными слоями мышечной оболочки, где они образовались внутри капилляров и мелких вен в тяжах межмышечной соединительной ткани. Узловатые поражения кишечника развиваются в такой же последовательности, как поражения печени.
Датта неоднократно находил до 20 яиц в одном эмболическом очаге, в кишечнике, хотя при исследовании нескольких сот срезов печени никогда не встречал в них более одного яйца в каждом отдельном узле. Примечательно также, что в кишечнике лошадей значительное большинство яиц шистозом целиком ограничивается слоями ткани под слизистой оболочкой, тогда как в спонтанных случаях шистозоматоза в гистологических срезах кишечника у овец и крупного рогатого скота яйца встречались почти исключительно в слизистой оболочке и не проявляли никакой тенденции к образованию узлов, а сами поражения были скорее клеточными, чем фиброзными, и, во всяком случае, не обызвествленными. Монтгомери (1906) говорит, что толстый кишечник лошадей является единственным органом, где можно находить яйца S. indicum в сколько-нибудь значительном числе. Он находил яйца только в слизистой, но считает, что в какой-то период яйца должны находиться в подслизистой ткани или капиллярах.