Хотя шистозоматозные поражения обычно ограничиваются толстыми кишками, однако они могут распространяться и на тонкие кишки и даже на желудок.
Появление поражений либо на слизистой либо на перитонеальной поверхности этих органов происходит фактически одинаково в различных частях пищеварительного тракта, но в большинстве случаев обе поверхности поражаются в одинаковой степени. Действительно, при внимательной проверке всей толщи стенки кишечника, ни один слой ее не оказывается совершенно свободным от поражений, хотя в очень ранних случаях мелкие вены подслизистой оболочки являются единственным местом, где образуются псевдотуберкулы.
Первичные поражения зарождаются в подслизистой оболочке кровеносных сосудов толстого кишечника и его дистальных частей, т. е. большой ободочной кишки и ректума, где они легко могут пройти незамеченными. При недостаточном знакомстве с мелкими поражениями, обычно связанными с ранними стадиями шистозоматозного энтерита и выражающимися слабой гиперемией или петехиальными кровоизлияниями, действительное значение картины болезни может быть неправильно истолковано.
Содержимое кишечника может быть полуплотным или жидким, покрытым слизью и слегка смешанным с кровью. Как и при других болезненных состояниях, характер и размер поражений зависят от длительности и тяжести болезни. Поражения на слизистой оболочке обычно выражаются особого типа язвами, преимущественно мелкими и неслитными, с резко очерченными краями. Отдельные язвы редко бывают крупнее большой булавочной головки, но иногда сливаются и тогда становятся крупнее. Другая особенность язв заключается в том, что их поверхность покрыта черными отложениями, вероятно, происходящими из экстравазированной крови.