У Hapalorhynchus яичник слаболопастной, тогда как у Hapalotrema выемки ясно выражены.
Яйцевидный или грушевидный яичник расположен между семенниками наискось, таким образом, что его длинная ось направлена почти под прямым углом к продольной оси тела. Он лежит слегка влево от медианной линии тела, позади его середины. Широкий конец направлен вперед и влево, а узкий — назад и вправо от медианной линии. Длина его достигает 0,1—0,12 мм, а ширина 0,06—0,07 мм. Яйцевод выходит из заднего конца яичника и идет назад до уровня заднего семенника; здесь от него отделяется семяприемник, часто наполненный сперматозоидами, и лауреров канал, выходящий наружу на дорзальную поверхность близ медианной линии.
Непосредственно после семяприемника женский канал принимает в себя проток от желточного резервуара, а затем направляется вперед по дорзальной стороне тела к половому отверстию. Желточники состоят из фолликулов, расположенных с обеих сторон тела от бифуркации кишечника до бифуркации экскреторного пузыря. Они распространяются до медианной линии, образуя непрерывную массу впереди брюшной присоски и позади яичника, за исключением маленького участка, где их ограничивает задний семенник, занимающий почти все пространство между дорзальной и вентральной стенками тела. Между брюшной присоской и яичником они ограничены узкими полосами по бокам тела, располагаясь латерально от кишечных стволов.
Половое отверстие располагается дорзально, возле середины тела, слегка влево от медианной линии. Матка короткая и только у двух из многочисленных исследованных экземпляров содержала по одному яйцу. Учитывая размер яиц, можно не сомневаться, что одновременно в матке не может находиться больше одного яйца. Яйца трехрогие, оболочка толстая, почти бесцветная. Яйцо в матке лежит одним рогом вперед, причем его передний кончик часто согнут или слегка скручен. Яйца попадают во внешнюю среду с фекалиями хозяина, где их может быть очень много. Размер яиц в фекалиях достигает 0,27 мм в длину, 0,07 мм в ширину. Расстояние между концами обоих задних рогов достигает 0,2 мм.
Hapalorhynchus gracilis Stunkard, 1922 (по Стенкэрду, 1923)
a — марита; б — яйцо