Семенники округлые или слегка эллиптические, располагаются в задней трети тела, один за другим, слегка наискось.
Передний левый семенник 0,14—0,16x0,12— 0,13 мм в диаметре, а задний правый — 0,17x0,13—0,14 мм. Яичник шаровидный, 0,069—0,10 мм в диаметре, лежит впереди семенников, правее медианной линии. Позади яичника располагается небольшой семяприемник. Желточники тянутся по бокам тела от уровня генитального синуса до заднего конца тела. Фолликулы желточников нередко прерываются на уровне яичника и позади семенников.
Желточный пузырь расположен дорзально в медианном поле на уровне переднего семенника. Петли матки занимают пространство между передним семенником, генитальным синусом и кишечными ветвями. Яйца желтоватого цвета, 0,035—0,039 мм длины и 0,022—0,024 мм ширины. Экскреторный пузырь Y-образной формы, мускулистый; медианный ствол имеет S-образную форму; боковые ветви переходят в боковые экскреторные каналы, идущие до уровня ротовой присоски.
Метацеркарий А. muhlingi инцистируется в мышцах и плавниках различных видов рыб. Циста эллиптической формы, 0,20—0,29х х0,14—0,26 мм. Стенка цисты состоит из двух оболочек; наружной фибрилярной, 0,008—0,006 мм толщины, и внутренней гиалиновой, 0,004— 0,008 мм. В цисте имеется черный пигмент в виде точек, расположенных кольцеобразно. Длина метацеркария 0,51—0,58 мм, ширина 0,098—0.12 мм. Кутикула покрыта мелкими шипиками. Ротовая присоска 0,048 Х0,44 мм. Фаринкс эллиптический, 0,028x0,022 мм. Пищевод достигает почти половины длины тела (0,17 мм).
Брюшная присоска внутри генитального синуса, в медианном поле, около середины длины тела, 0,032 мм в диаметре. Впереди брюшной присоски лежат два маленьких сосочка. Имеются зачатки семенников, яичника и семяприемника. Экскреторный пузырь Y-образной формы, мускулистый, медианный ствол S-образный, боковые экскреторные каналы достигают переднего конца тела. Метацеркарий A. muhlingi отличается от метацеркария Metagonimus romanicus незначительными размерами и медианным положением генитального синуса.