Предки этих групп гетерофиоид, по-видимому, имели отдаленные друг от друга брюшную и половую присоски и в процессе эволюции разошлись на две группы.
У одной из них (Knipowitschetrematinae) в процессе развития происходило сближение брюшной и половой присосок, пока они не слились в один общий орган — брюшно-половую присоску, связанную с генитальным синусом, а другая группа (Heterophyinae) эволюционировала в сторону усиления половой присоски независимо от брюшной.
Филогенетические взаимоотношения между родами в подсемействе Heterophyinae можно представить в следующем виде. Наиболее примитивным является род Pseudoheterophyes, от ветви которого отошел близкий к нему род Heterophyopsis, а от последнего на какой-то стадии развития отделилась ветвь, давшая в конечном итоге род Heterophyes.
Таким образом, семейство Heterophyidae подразделяется на шесть подсемейств.
1. Подсемейство Heterophyinae Ciurea, 1924 с родами: Heterophyes Cobbold, 1866, Heterophyopsis Tubangui et Africa, 1938, Pseudoheterophyes Yamaguti, 1939.
2. Подсемейство Metagoniminae Ciurea, 1924 с четырьмя родами: Metagonimus Katsurada, 1912, Dexiogonimus Witenberg, 1929, Diorchitrema Witenberg, 1929, Metagonimoides Price, 1931.
Филогенетические взаимоотношения родов подсем. Heterophyinae Ciurea, 1924 (по Ф. Н. Морозову)
3. Подсемейство Cryptocotylinae Ciurea, 1924 с двумя родами: Сгурtocotyle Ltihe, 1899, Ciureana Skrjabin, 1923.
4. Подсемейство Apophallinae Ciurea, 1924, включающее три рода: Apophallus Ltihe, 1909, Rossicotrema Skrjabin et Lindtrop, 1919, Pricetrema Ciurea, 1933.
5. Подсемейство Euryhelminae Morosov, 1952, с одним родом Euryhelmis Poche, 1925.
6. Подсемейство Centrocestinae Looss, 1899, с шестью родами: Centrocestus Looss, 1899, Ascocotyle Looss, 1899, Parascocotyle Stunkard et Haviland, 1924, Pygidiopsis Looss, 1907, Caimanicola Freitas et Lent, 1938, Pygidiopsoides Martin, 1951.