Очевидно, что связь между этими родами и родом Cryptogonimus можно проводить через наиболее примитивный вид — Allocanthochasmus artus.
Род Paracryptogonimus Yamaguti, 1933 включает паразитов морских рыб и отличается от рода Cryptogonimus более сильно развитой маткой, лопастным яичником, редуцированной половой присоской и семенниками, расположенными за кишечными ветвями. Кроме того, на ротовой присоске имеется один ряд мелких хитиновых шипов.
Все это показывает, что данный род значительно совершеннее рода Cryptogonimus. По форме и расположению яичника, по расположению семенников, а также по общности окончательных хозяев он близок к роду Siphoderina Manter, 1934 и Siphodera Linton, 1910.
Род Siphoderina отличается от рода Paracryptogonimus более сильно развитой маткой, петли которой достигают уровня бифуркации кишечника, расположением желточников в передней части тела и отсутствием шипов на ротовой присоске. Кроме того, у этого рода имеется хорошо развитая половая присоска.
Род Siphodera наиболее близок к роду Siphoderina, но отличается от него наличием 8 семенников и редукцией половой присоски.
Что же касается рода Biovarium Yamaguti, 1933, то он морфологически очень близок к виду Allocanthochasmus varius, но наличие двух яичников и в особенности паразитирование в рыбах Японского моря мешают провести через него связь с другими представителями криптогонимид, являющимися паразитами пресноводных рыб; однако родство его с Paracryptogonimus неоспоримо.
Подсемейство Polyorchitrematinae Srivastava, 1939 с одним родом и видом, паразитирующим у пресноводных рыб Индии, трудно связать филогенетически и с паразитами пресноводных рыб Америки, и с паразитами морских рыб Америки и Японии. Здесь можно сделать два предположения: либо представители этого подсемейства имеют вторичное происхождение от гетерофиоид, паразитирующих у морских рыб, либо сходство их с представителями семейства Cryptogonimidae является конвергентным, так как трудно представить себе непосредственный контакт пресноводных рыб Америки с пресноводными рыбами Индии даже и в историческом аспекте. То же можно сказать и о всех видах подсемействаHaplorchoidinae Movosov, 1952.