Для построения естественной системы любой группы животных нужно исходить из филогенетических отношений внутри этой группы, т. е. из эволюции исследуемых организмов, из их филогенеза.
А изучение эволюции зиждется в основном на палеонтологии, эмбриологии, сравнительной анатомии и зоогеографии. Исходя из данных этих дисциплин, мы можем наметить более или менее правильно филогенез той или иной группы животных, выявить пути их эволюции, составить их родословную схему и тем самым построить естественную систему.
Попробуем рассмотреть под указанным углом зрения изучаемую нами группу трематод.
Палеонтологический метод, бесспорно, наиболее ценен для определения происхождения той или иной группы организмов, но, к сожалению, он здесь неприложим, так как до сих пор еще неизвестно ни одного ископаемого представителя трематод как во взрослой, так и в личиночной стадиях.
Эмбриологический метод выяснения путей исторического развития животных, наряду с палеонтологическим, имеет огромное значение, так как зародышевые или личиночные стадии могут пролить свет на историческое прошлое того или иного организма.
«Оказалось, что формы, мало сходные между собою в развитом состоянии, представляют несомненные черты сходства при сравнении их зародышей, что в общих чертах зародыши высших форм пробегают стадии развития, поразительно сходные с зародышами форм простейших»,— пишет К. А. Тимирязев.
«И здесь, как и в области морфологии, оставалось только одно: если настоящее не доставляет нам объяснения, то приходится искать его в прошлом. Если совершенство организации необъяснимо, как результат процесса индивидуального развития, то не станет ли оно понятным, как результат исторического процесса, представляющего только его непосредственное продолжение в бесконечную даль прошлого».