Эктомезенхима имеется у позвоночных, но в целом для надтипа совершенно не характерна. «Энтомезенхима» выделяется из целомических зачатков.
Только у иглокожих связь первой порции личиночной мезенхимы с целомами отсутствует (она возникает до целомов). Возможно, однако, что эта мезенхима была целомической и лишь позже в ходе эволюции стала особым зачатком. Она выделяется в основном из той же части энтодермы, что и первый целом.
Основной источник тканей внутренней среды у Actinotrochozoa — целомы, и для понимания филогенеза этих тканей требуется прояснить историю целомов.
Поскольку у Actinotrochozoa двигательные функции обеспечиваются целомодермой или ее производными и судя по отсутствию таких функций у покрова и энтеродермы, это разделение труда очень древнее, нефроцельная и гоноцельная теории целомов для Actinotrochozoa не подходят. Миоцельная теория предполагает образование полости внутри мышечной ткани. Но у Actinotrochozoa мы видим обратное: мышечная ткань через фазу миоэпителиоцитов формируется в стенке целомов, а не целомы — в мышечной ткани. У хордовых в соматической мускулатуре миоцели рудиментарны или отсутствуют, у них обширны как раз целомы, не связанные с соматической мускулатурой. Поэтому миоцельная теория к Actinotrochozoa также не приложима. Остаются шизоцельная и энтероцельная теории.