В качестве предков Metazoa метагенетические протисты имеют преимущества перед протистами, снабженными лишь одним фенотипом.
Параллельные ряды эволюции колоний современных протистов показывают, что на путь преобразования в многоклеточные организмы вступали представители разных групп. В этих условиях скорость эволюции становится решающей. Те колонии, которые раньше достигли организации примитивных многоклеточных животных (и получили соответствующие преимущества), заполнили подходящие для первичных Metazoa экологические ниши и остановили прогрессивную эволюцию прочих колоний.
В этом плане колонии метагенетических протистов имеют преимущества. У них уже есть половой процесс и до четырех программ дифференцировки клетки (агамонт, гамонт, гамета, зигота, а возможно, и зооспора). Эволюция колоний таких организмов может протекать быстрее, чем колоний, в которых половой процесс и возможность разнообразия клеток должны еще возникнуть. Существование нескольких дифференцировок на основе одного генотипа (эпигеномная наследственность) предполагает наличие механизма избирательной и упорядоченной экспрессии лишь части генов. Само появление такого механизма есть важный ароморфоз, и потому предков Metazoa следует искать именно среди таких протистов.
У современных хоанофлагеллят половой процесс и жизненный цикл со сменой дифференцировок клетки не описаны. Но из общих соображений именно такие хоанофлагелляты вероятны как предки Metazoa. Наши опыты по культивированию хоанофлагеллят Codonosiga botrythis [Борисов, 1978а] позволяют предполагать у них смену форм клеток. Эти данные требуют проверки. Но независимо от ее результатов нельзя отвергать возможность существования в докембрии метагенетических хоанофлагеллят. Такие протисты обладают большей пластичностью и способны использовать более разнообразные объекты питания. Напротив, протисты, имеющие лишь один фенотип, представляются специализированными, приспособленными к обитанию в узкой экологической нише. При давлении животных с более высокой организацией такая специализация — естественный путь к выживанию, но это — сравнительно недавняя черта.