Указанное сходство решает вопрос только в общих чертах. Можно утверждать, что все многоклеточные животные (а не только губки) возникли из колоний хоанофлагеллят, но нет уверенности, что эти монады были вполне сходны с современными формами и существовали только в виде воротничковых клеток.
Возможно, что предок-протист был метагенетическим [Захваткин, 1949], и некоторые фазы его жизненного цикла воротничка не имели. Вильмер [Willmer, 1970] не утверждает, что предок-протист был воротничковым жгутиконосцем и размножался половым путем, но предполагает, что он мог принимать вид жгутиконосца и амебы. Выводы такого рода вероятны, так как ранее отмечалось, что эукариоты вообще предрасположены к существованию в виде разных фенокопий, а жизненные циклы со сменой фенотипа клеток действительно наблюдаются у протистов — гетеротрофных и автотрофных.
Вследствие возможности смены фенотипа противоположность жгутиконосца и амебы не абсолютна. Некоторые амебы в одну из фаз жизненного цикла приобретают жгутик [Droop, 1961; Willmer, 1970]. Почти все голые хризомонады, напротив, могут временно становиться амебоидными [Топачевский, 1962]. Поэтому псевдоподиальных и кинетидных протистов не обязательно рассматривать как представителей двух расходящихся [Колосс, 1975] линий эволюции или противопоставлять амеб, как самых древних эукариот, другим протистам [Зайцева, Шанина, 1976].
Большая вариабельность соотношения в ДНК АТ- и ГЦ-пар азотистых оснований у амеб и флагеллят означает, что либо это не естественные таксоны, а сборные группы внешне сходных, но не родственных протистов, либо (самое привлекательное) амебы и жгутиконосцы имеют большую древность, так как они суть фиксированные фазы жизненного цикла древних эукариот, которые первоначально могли существовать в обеих этих формах. При адаптации таких протистов к постоянному обитанию в узких экологических нишах один из возможных фенотипов был утрачен.
Действительно, у ряда корненожек и солнечников жгутиконосная форма крайне кратковременна и, видимо, исчезает. Если такие рассуждения верны, то альтернативная постановка вопроса: предками многоклеточных животных были либо амебоидные, либо жгутиконосные протисты — некорректна. Филогенетические связи псевдоподиальных и кинетидных протистов могут оказаться самыми тесными.