Привлекательная черта биогенетического закона — его универсальность и способность объединять разные отделы морфологии.
Критика закона была во многом справедливой. Верно, что макроэволюцию нельзя рассматривать только как последовательность имагинальных форм, тезисы «филогенез определяет онтогенез» и «онтогенез творит филогенез» следует рассматривать как полюсы диалектического единства, противоположность палин- и ценогенезов относительна.
Однако порой критика основывалась на мелких фактах,, не существенных для такого крупного обобщения, как биогенетический закон. Иногда использовались и сомнительные аргументы. Так, в качестве примера часто указывают, что волосяной покров и ушная раковина у плодов человека и высших обезьян развивается не так, как следует ожидать на основе биогенетического закона [см. Иванов, 1937; Токин, 1977]. Но мы ничего не знаем о волосяном покрове и форме ушей предков людей и человекообразных обезьян. Поэтому можно предполагать, что биогенетический закон в этих случаях подсказывает нам сведения, которых мы не ожидаем, но которые, тем не менее, верны.
Многие аргументы критиков биогенетического закона рассмотрены и отвергнуты И. И. Ежиковым [1940]. Принципиально новых соображений с тех пор не появилось. При оценке фактов «за» и «против» полезно помнить, что основные положения биогенетического закона использовались в трудах Ч. Дарвина (лишь Ф. Мюллер и Э. Геккель фундаментально разработали эти положения), поэтому полный отказ от биогенетического закона есть попытка ревизии учения Ч. Дарвина.