Хотя функциональные и исторические объяснения применяются в любых областях морфологии, их ценность в разных случаях не всегда одинакова.
Сведения по сравнительной цитологии, обобщенные А. А. Заварзиным-мл. [1976], показывают, что в этой области возможности функционального подхода особенно велики. И напротив, при анализе строения эмбрионов функциональный анализ наименее плодотворен.
При сравнении эмбриона с личинкой (когда это возможно) очевидно, что многие функции у эмбриона редуцированы или отсутствуют. Поэтому эмбриологи часто говорят о «неспецифических функциях», подразумевая такие процессы, как дыхание клеток, поглощение ими питательных веществ и т. д. Но такой подход нуждается в обоснованиях, которые пока не представлены. Неоднократно и справедливо подчеркивалось, что в морфологическом отношении многоклеточные животные имеют многоуровневую иерархическую организацию (макромолекулярный, субклеточный, клеточный, тканевой, органный уровни). Это следует учитывать и при анализе функций.
Раз между структурой и функцией существует соответствие, то функциональные процессы нужно сопоставлять с теми структурами, которые непосредственно обеспечивают эти функции. Поэтому верно утверждать, что на уровне субклеточных структур дыхание — функция (в особенности — митохондрий). Но на уровне ткани дыхание — не функция, а проявление жизнедеятельности. Активная функция — сторона жизнедеятельности, выделенная в каком-то отношении и по определенным основаниям. До тех пор пока у клетки или ткани не найдены специфические структурные особенности, связанные с дыханием и отсутствующие в других сходных образованиях, морфолог не вправе приписать данной клетке или ткани дыхание как функцию (хотя митохондрии этой клетки и специализированы к выполнению окислительных процессов, эти процессы происходят на другом, низшем, структурном уровне).