Наиболее общие рассуждения о функционировании системы клещ—возбудитель КЭ волей-неволей необходимо начать с наиболее общих представлений о среде, в которой она сама функционирует.
Автономный очаг клещевого энцефалита соответствует, по мнению Л. П. Никифорова (1974), крупному («региональному») биоценозу, размеры которого сопоставимы с геоботаническим районом или округом, а ареал вируса приурочен к ареалам Ixodes persulcatus и I. ricinus, не более того. Размещение основного переносчика по территории подчиняется — в математическом выражении — отрицательному биномиальному распределению (Окулова, 1980) ; интенсивность эпизоотического и эпидемического процессов, т. е. циркуляции вируса помимо абиотического фактора — суммы эффективных температур,— наиболее тесно корреляционно связана с характеристиками растительного сообщества (Мошкий, 1970).
Само проявление природных очагов в пределах всего ареала — результат исторически длительного взаимодействия потенциала природной среды, экологически благоприятной для возбудителя, и системы землепользования в течение достаточно длительного периода времени (Воронцова, 1990), т. е. опять-таки связано с состоянием именно растительных сообществ. От их состояния и специфики в свою очередь зависят видовой состав и обилие прокормителей клещей. Отметим еще два момента: Н. М. Окулова (1980) подчеркивает высокую агрессивность «многочисленного таежного клеща — обычно отличающегося высокой вирофорностью и приуроченного к лесам в окрестностях таежных поселков».
Тяжесть заболевания (т. е., видимо, доза вируса и вирулентность его штамма) увеличивается по мере увеличения суровости климата и связана с высокой численностью (и стало быть одновременно — долей высоковирофорных особей) таежного клеща и красно-серой полевки (Болотин, 1988). Выстраивается, таким образом, следующий ряд: растительные сообщества (зависимые от температуры и влажности), количество и качество прокормителей, неравномерное распределение клещей в этих сообществах (и соответственно — на прокормителях), неравномерная вирусофорность, предположительно большая агрессивность клещей, содержащих вирус, и чувствительная к вирусу популяция человека. На первое место всеми исследователями ставятся именно растительные сообщества, что, впрочем, известно достаточно давно, см. наблюдения Б. И. Померанцева и Г. В. Сердюковой в 1939 г. (Померанцев, Сердюкова, 1947) и Н. О. Оленева в 1947—1948 гг. (1954). Обилие прокормителей, клещей, вируса в них занимает подчиненное положение.