Половая система самки представляет собой орган, замкнутый соединительной тканью в подкову; она состоит из яичника, пары яйцеводов, непарной матки, влагалища.
Семяприемник имеется у амблиоммин; у иксодин ему соответствует цервикальный отдел влагалища. Придаточные железы есть у всех аргазид. К половой системе самки можно отнести особый орган (орган Жэне), осуществляющий смазку каждого яйца в момент откладки. На схеме представлено развитие ооцита в яичнике самки иксодоидного клеща: от формирования его в стенке яичника до овуляции. Если на первой фазе, при трансфазовом переходе вирусов, возможно образование вирионов еще в закладке будущих ооцитов вследствие инфицирования самой стенки яичника, то при алиментарном восприятии возбудителя инфицирование ооцитов происходит несколько позже.
Те же явления наблюдаются при заражении риккетсиями: при трансфазовой передаче у нимф — будущих самок — клетки фолликулярного эпителия уже инфицированы (Ржегачек, Дайтер, 1989). В клетках голодных самок, перелинявших из этих нимф, риккетсии находятся в латентной фазе, питание лишь активизирует их. При первичном заражении самок во время питания успешность заражения зависит от скорости и масштабов накопления риккетсий в гемолимфе (дозозависима) и зависит от того, успеют ли в достаточном количестве риккетсии проникнуть сквозь tunica propria до образования непроницаемого для них хориона. Надо полагать, что при трансфазовом переходе бабезий происходит сходный процесс.
Судя по локализации бабезий в базофильных, вителлогенин производящих клетках, вхождение их в клетку ооцита теснейшим образом связано с транспортом вителлогенина и поступлением предшественников желтка сквозь tunica propria из гемолимфы в ооцит. Начало вителлогенеза у Dermacentor variabilis, например (Coons et al., 1989), совпадает с фазой насыщения, для развития этого процесса и усвоения вителлогенина в яйце необходимо оплодотворение самки. Следовательно, от оплодотворения зависит и успешность трансовариальной передачи, так как с транспортом вителлогенина связан транспорт в яйцо и возбудителей. Вителлогенин-продуцирующие клетки увеличиваются в размерах в предкладочный период и достигают максимума тогда, когда большая часть яиц уже оплодотворена. Если транспорт в яйца возбудителей связан с уровнем синтеза вителлогенина, то можно предположить более полное инфицирование яиц именно во второй половине кладки.