Древесная и кустарниковая растительность произрастает единичными экземплярами и в виде зарослей почти на всех элементах рельефа бугристых песков, но главным образом в увлажненных котловинах и понижениях.
Так, например, древесно-кустарниковая растительность Нарынских песков представлена в виде разнообразных, то чистых, то смешанных, насаждений — тополевых (Populus hybrida, P. alba), лохово-тополево-ивовых (ива каспийская и розмаринолистная); ивово-лоховых, ивовых (ива каспийская и розмаринолистная) и реже ольховых. Естественные тополевые и лоховые колки имеют черты тугайной растительности. В них наблюдаются густые заросли шиповника (Rosa cinnamomea); деревца и кустарники бывают обвиты ломоносам (Clematis orientalis), а края колков зарастают ивой розмаринолистной.
Во влажных котловинах с древесно-кустарниковой растительностью местами развивается густой покров, состоящий из тростника, камыша (Holoschoenus vulgaris), вейника, солодки, хвоща (Equisetum ramosissima) и др. В этих же условиях наблюдается обильное развитие различных шляпочных грибов — белых грибов, груздей, маслят и др. На буграх и склонах произрастает одиночно и группами тополь гибридный, а также крушина (Rhamnus cathartica), жузгун (Calligonum aphyllum), кулан-куйрук (Eremosparton aphyllum), образующий местами, вследствие корнеотпрыскового размножения, значительные заросли.
В котловинах взбугренных участков ашиков (песчано-равнинных пространств, заключенных между лентами бугристых песков) одиночно и небольшими группами встречаются тополь гибридный, лох, а также ива каспийская, ива розмаринолистная и жузгун. Тамариксы произрастают в ашиках в виде небольших групп и редких зарослей по окраинам солончаков.