Боткуль и Горько-Соленое представляют собой по существу усыхающие озера, впадины которых системой узких террас переходят к окружающим равнинным пространствам, возвышающимся над ними на 5—10 м.
Берега этих озер изрезаны балками и небольшими речками, по которым стекают талые воды.
Озеро Арал-Сор, расположенное у северной границы песчаного массива, представляет замкнутую впадину с относительными отметками 5—10 м. По размерам оно значительно превосходит общеизвестное оз. Баскунчак, и площадь его составляет около 200 км2. Поверхность оз. Арал-Сор почти сухая и сплошь покрыта выцветами солей. Имеющиеся местами выступы рапы в летнее время, в результате сильного испарения, кристаллизуются и покрываются коркой соли. Как предполагают Н. Буянов, И. Лепешков и Д. Рябчиков, Арал-Сор питается не только водами впадающей в него речки Аще-Озек, но и подземными источниками. Предполагается также, что оз. Арал-Сор в недавнем прошлом представляло гидрологически одно целое с солеными грязями Хаки (у песков Нарын), будучи соединенным с ними системой древних протоков, следы которых сохранились и в настоящее время (Жуков, 1945).
Алгаринская группа озер, к которым относятся Б. и М. Кордуванские, Бабайское, Ак-Сор, а также многие другие более мелкие многочисленные озера, в целом мало изучена. По имеющимся сведениям, эти озера располагаются между развеваемыми бэровскими буграми и среди барханных песков, вытягиваясь, в большинстве случаев, в широтном направлении (Курнаков и Ронкин, 1931; Николаев и Кузнецов, 1935).
Все указанные озера имеют сильно минерализованную воду, приближающуюся к рассолам.
Солевой состав озерной рапы достаточно разнообразен. В озерах и грязях, расположенных на севере (Арал-Сор, Боткуль), преобладают хлориды натрия и в меньшей степени содержатся сульфаты, главным образом сульфаты магния. В южных озерах, расположенных вблизи моря (Алгаринская группа), преобладают сульфаты и хлориды магния, а хлориды натрия присутствуют в меньшем количестве, за исключением оз. Бабайского.