Южная, пустынная, часть Северного Прикаспия в гидрологическом отношении характеризуется рядом неблагоприятных черт.
В противоположность полупустынной части вся пустынная часть совершенно лишена гидрографической сети. Здесь существуют также какие-либо пресноводные водоемы, тогда как в полупустынной части имеются озера (например, Камыш-Самарские), значительно развиты лиманы и временные озерки среди песков, которые, однако, летом высыхают.
Атмосферные осадки на суглинистых почвах большей частью испаряются, и лишь частично идут на питание грунтовых вод, в песках же и песчаных почвах, благодаря особенности их водно-физических свойств, атмосферные осадки проникают вглубь. Степень просачивания осадков зависит от ряда факторов — времени их выпадения, количества, характера растительного покрова и пр. В периоды обильного выпадения осадков при отсутствии транспирации и испарения или значительном их сокращении, просочившиеся осадки, в условиях котловин и понижений, смыкаются с грунтовыми водами. Поэтому в профиле увлажнения почвогрунтов взбугренных песков непромачиваемый горизонт (импермацидный или диопульсивный, по Высоцкому, 1930) может обнаруживаться только на высоких буграх и барханах и отчасти на их склонах.
В Северном Прикаспии, как в подзоне светлокаштановых почв, так и в зоне бурых почв, широко распространены соленые озера, среди которых различаются: 1) одиночные крупные и глубокие озера и 2) групповые и реже одиночные, обычно цепочечно-вытянутые, мелкие озерки — соры.
В полупустынной части Северного Прикаспия к числу крупных озер-соров относятся Боткуль, Горько-Соленое, Арал-Сор, Арал-Тюбе, Берш-Арал, Кырк-Оба и многие другие, а в пустынной части — Донгелек-Сор, Бес-Оба, Большой Чулан, а также Алгаринская группа озер в северо-восточной части дельты Волги и др. Эти озера изучены слабо, а в отношении многих из них нет даже никаких сведений.