Филогения простейших
Наиболее просто морфологически устроенными простейшими являются амебы. Для них характерно отсутствие постоянной формы тела, скелетных и сократимых образований, специализированных органелл, непостоянство формы и числа псевдоподий. Все эти признаки указывают на примитивность строения амеб. Считают, что от предков саркодовых и произошли все остальные группы простейших.
Ранее было высказано предположение о том, что самыми древними формами следует считать тех простейших, которые могут питаться за счет неорганической среды. Среди Protozoa только жгутиковые питаются как растения, синтезируя органические вещества из неорганических. Однако установлено, что аутотрофный способ питания не может считаться первичным, так как для него необходим более сложный комплекс органелл. В связи с этим трудно согласиться с представлениями о происхождении современных простейших с гетеротрофным питанием от аутотрофных жгутиковых.
Раковинные корненожки, фораминиферы и все другие более сложно устроенные корненожки произошли, по-видимому, от амеб путем их дальнейшего усложнения.
Споровики представляют собой сборную группу, в которой различные подклассы имеют разное происхождение. Подкласс Telosporidia, по-видимому, произошел от жгутиковых, потому что половые особи грегарин кокцидий весьма с ними сходны (наличие жгутов, постоянная форма тела). Гаметы гемоспоридий, хотя и не имеют жгутиков, но родство гемоспоридий и кокцидий не вызывает сомнения.
Представители других подклассов споровиков, например Myxosporidia из подкласса Cnidosporidia, обладают амебоидным движением, снабжены псевдоподиями и ни в одной стадии не имеют жгутов. Это сближает их с корненожками. Можно думать, что класс споровиков имеет двойственное происхождение — от жгутиковых и от корненожек. Многие авторы поэтому рассматривают Telosporidia и Cnidosporidia как самостоятельные классы, не объединяя их в класс Sporozoa.
Характер органов движения сближает инфузорий и жгутиковых. Диморфизм ядерного аппарата и наличие полового процесса в виде конъюгации делают вопрос о происхождении инфузорий еще неясным, но в последнее время описана свободноживущая инфузория Stephanopogon, у которой имеется несколько одинаковых ядер, т. е. нет разделения на макро- и микронуклеус. Это заставляет думать, что инфузории произошли от жгутиковых, тем более, что резкого различия между жгутиками и ресничками нет, как это видно на примере различных представителей Hypermastigidae.
Наличие ресничек у свободноплавающих «эмбрионов» сосущих инфузорий ясно указывает на происхождение Suctoria от Ciliata.