В отличие от фитомастигин жгутиковые никогда не содержат хроматофоров.
Питание гетеротрофное. Многие зоомастигины паразиты и питаются сапрофитно. Размножение бесполое, главным образом путем продольного деления. Количество жгутиков может быть различно: от 1—2 до многих десятков.