Передвигаются при помощи псевдоподий (Rhizopoda) или жгутиков (Flagellata) и никогда не имеют многочисленных мелких ресничек.
Вегетативные особи споровиков вообще не имеют органелл движения, и только половые особи их могут передвигаться либо амебоидно, либо при помощи жгутиков. К этому подтипу относятся 3 класса: 1) корненожки (Rhizopoda), 2) жгутиковые (Flagellata) и 3) споровики (Sporozoa).