Сама система регулирования онтогенеза усложняется и совершенствуется в процессе эволюции. Регулируются не только уклонения от нормального течения, но и само течение поддерживается в требуемом состоянии за счет все усложняющейся системы защитных механизмов.
В эволюции происходит раздвигание нижнего и верхнего порога нормальной реактивности тканей и возрастание запаса реагирующего материала. Надежность развития возрастает за счет увеличения кодирующего материала — образования целых серий генов со сходным действием. У высших беспозвоночных (насекомых) и у высших позвоночных (птиц и млекопитающих) высшего развития достигает нервная регуляция. Самонастройка и самоорганизация живых систем, лежащие в основе поддержания устойчивости, в течение эволюции совершенствуются. Это касается живых систем, образующих все уровни организации живого [Шмальгаузен, 1958а, б, 1959, 1960а, б, 1961, 1964а, б].
Среди живых систем многоклеточный организм как система претерпевает в процессе эволюции наиболее глубокие преобразования. Действительно, стоит только вспомнить поразительное единообразие строения структурных основ наследственности у всех живых существ и не менее поразительное единообразие строения способных к делению клеток всех многоклеточных организмов, как станет ясно, что разнообразие органических форм осуществлено на ор-ганизменном уровне. И тем не менее организм не является субстратом эволюционных преобразований. Организм живет, и для него жить означает претерпевать полный превратностей жизненный цикл, начиная с одноклеточного существа — зиготы и кончая смертью.
Развитие организма во всем, что касается его физических свойств, представляет собой осуществление программы, закодированной с помощью определенной последовательности нуклеотидов в молекуле ДНК в его генотипе. Изменение самой программы и возникновение новых черт организации осуществляется в процессе эволюции под воздействием отбора, а отбор протекает на уровне множеств организмов, т. е. на уровне популяций. Впервые в истории науки это обстоятельство, а именно приуроченность эволюции к популяционно-видовому уровню организации живого, ясно понял, в отличие от Ламарка, Дарвин и положил во главу угла своей теории естественного отбора.