Валентность ядра представляет собой внутренний регулирующий механизм. Скорость течения биохимических процессов стоит в непосредственной связи с числом наборов хромосом, т. е. с числом матриц, способствующих синтезу активных веществ в клетке.
Многие биохимические, физиологические, морфогенетические процессы находятся под более прямым контролем валентности ядра. Так обстоит дело на клеточном и онтогенетическом уровнях организации живого. На видовом уровне валентность ядра контролирует вероятность перехода каждой возникшей мутации в досягаемое для отбора (гомозиготное, или гемизиготное) состояние, характер выявления мутаций и, до известной степени, саму мутабильность. Валентность ядра выступает, таким образом, как один из регуляторов эволюционного процесса.
Изменение валентности ядра служит, быть может, одним из механизмов, регулирующих взаимоотношения между представителями разных поколений, в том случае, когда они вступают в тесный контакт друг с другом и между тканями одного и того же организма, когда генотипы этих тканей могут оказаться различными.
Триплоидный эндосперм лучше диплоидного не только потому, что энергия жизнедеятельности триплоидных тканей выше, чем тканей диплоидных. Прибавление мужского ядра к ядрам зародышевого мешка при образовании эндосперма уравнивает до известной степени генотипы клеток эндосперма и всех остальных тканей, предотвращая опасность несовместимости белков эндосперма и других тканей зародыша.
Угроза несовместимости белков матери и плода в результате различия их генотипов могла бы быть уменьшена межгеномной гетероцикличностью, которая выражается в выключении из действия отцовского набора хромосом, в результате чего на определенной стадии развития генотипы матери и плода функционально уравниваются. Существует ли это явление в природе в настоящее время — неизвестно.