Деление на подклассы переходного полиморфизма иное, чем балансированного. Не все подклассы балансированного полиморфизма возможны для переходного.
Факторы, реализующие различия в случае балансированного полиморфизма, могут носить как элементарный, так и комплексный характер. Чаще всего стрелочный механизм, обусловливающий различия между формами полиморфного вида, носит комплексный характер — полигенный, супергенный или суперхромосомный. Переходный полиморфизм, по смыслу вещей, основан на элементарных стрелочных механизмах. Основные его подклассы — генный и хромосомный (интер- и интрахромосомный). Комплексные механизмы могут играть роли реализаторов различий при переходном полиморфизме только в том случае, если они ранее возникли в качестве реализаторов балансированного полиморфизма. Там они приобрели свой комплексный характер, а когда баланс динамических сил нарушился, стали обусловливать различия между формами переходного полиморфизма [Mather, 1955].
Суперхромосомный подкласс в случае переходного полиморфизма невозможен. Геномный подкласс можно лишь условно отнести к полиморфизму. Различие между формами по числу целых наборов хромосом само является изолирующим механизмом.
Пример генного подкласса — «индустриальный меланизм» бабочек. Пример интерхромосомного подкласса — повышение концентрации инверсии «РР» в популяциях Drosophila pseudoobscura. Каждому подклассу переходного полиморфизма, в противоположность балансированному, соответствует один род: селективное значение форм не может быть, по смыслу вещей, равно. Выравнивание селективных значений переводит переходный полиморфизм в балансированный.
Вместе с тем, балансированный полиморфизм не связан, как мы видели, с равенством селективных значений форм. Он основан на балансе сил. Уровень, на котором произойдет взаимное погашение динамических сил эволюции, совершенно безразличен. Безразлично, будут ли погашать друг друга две селективные силы, или в игру вступит еще и механизм расщепления, или давление мутационного процесса. Какими способами достигнуто равновесие — не имеет никакого значения. Равновесие достигнуто— перед нами балансированный полиморфизм, равновесия нет и мы имеем дело с переходным типом полиморфизма.