Ранние стадии эмбриогенеза находятся под контролем гаплоидного набора хромосом матери. Питающие клетки в яичниках насекомых с их гигантскими политенными ядрами изливают свое содержимое в созревшую яйцеклетку.
Они усиливают контроль над развитием зародыша со стороны материнского ядра, умеряя значение межгеномной гетероцикличности в качестве биоевгенического фактора.
Межгеномная гетероцикличность позволяет сочетать преимущества партеногенетического размножения с преимуществами двуполого размножения. При двуполом размножении создается угроза, что белки семян, развивающихся на материнском растении, или белки плода, созревающего в утробе матери, окажутся несовместимыми с белками материнского организма. При партеногенетиче-ском размножении такой опасности нет. Более позднее вступление в действие отцовских генов уменьшает эту опасность.
В обоих случаях значение межгенной гетероцикличности оказывается в системах, включающих организм, как подчиненный элемент системы (система мать — плод, семья, колония). Помимо этого, межгеномная гетероцикличность имеет значение и на онтогенетическом уровне.
Межгеномная гетероцикличность позволяет сочетать высокий индекс рекомбинаций в половых клетках с подавлением соматического перекреста. Самостоятельное и, до известной степени, разновременное прохождение стадий митотического цикла отцовским и материнским комплексами хромосом уменьшает вероятность сегментного обмена между хромосомами обоих комплексов.
В клетках двукрылых (Diptera), содержащих гигантские политенные хромосомы, межгеномная гетероцикличность, быть может обеспечивает сохранение порядка в расположении хромомер. Благодаря тому, что две половины пучка, образованные отцовской и материнской хромосомами, вступают в процесс образования вздутия неодновременно, гигантские хромосомы не располагаются в местах образования вздутий. Неодновременное участие двух пучков в создании вздутия можно видеть на рисунках тех исследователей, которые работали с гигантскими хромосомами [Beermann 1952; Panitz 1960; и др.]. Сами эти картины могут служить доказательством межгеномной гетероцикличности.
Межгеномная гетероцикличность способствует уменьшению валентности полиплоидных ядер, способствуя обособлению целых геномов.