Так как генотип является той управляющей системой, которая определяет онтогенез живых организмов и вместе с тем представляет собой код наследственной информации, передающейся из поколения в поколение, то можно считать тривиальным утверждение, что происходящая на нашей планете эволюция живых организмов связана с эволюцией генотипа.
В нашу задачу входит показать, что вся сумма знаний, добытая современной генетикой, так же как и результаты специальных наблюдений и опытов, в частности, изучение различий в структуре и изменчивости генотипа у различных групп организмов заставляет думать, что эволюции путем естественного отбора могут подлежать и некоторые свойства самого генотипа.
Действительно, хотя генотип и является основной управляющей системой и кодом наследственной информации, передающейся из поколения в поколение, он в то же время, несомненно, является определенным «признаком» организма. При этом мы можем различать два свойства генотипа как признака организма: его структуру и его изменчивость. Общей особенностью структуры генотипа любого организма является известная дискретность, связанная с одним из определений понятия гена, как в значительной мере автономной структурной единицы в пределах набора хромосом. Изменениями же генотипа являются различные мутации, т. е. элементарные единицы наследственной изменчивости.
Таким образом, вполне обоснована постановка специального вопроса об эволюции генотипа, в частности, как его структуры, так и его изменчивости. Несомненно, что в процессе эволюции естественным отбором направляется и формируется не только морфологическая организация особей; естественный отбор должен в какой-то мере изменять, направлять и поддерживать в оптимальном состоянии также и вышеупомянутые основные свойства генотипа. Должно меняться число, феногенетические свойства и взаимные связи генов, а также частота их изменчивости (степень стабильности) и направления последней.