В качестве моделей, демонстрирующих возможную структуру псилофитовых зарослей, изучались группировки современных плаунов.
Как имитации древнейших этапов развития исследовались также современные группировки водорослей, папоротников и т. д. На основании подобных аналогий автор дает общую картину изменения структуры растительных сообществ на фоне общей эволюции жизни на Земле и выделяет несколько этапов преобразования функциональной организации. На первом этапе развития сообществ их функциональная природа характеризуется словом «выжить», на втором— «выжить и дать жизнеспособное потомство», на третьем—«выжить, дать жизнеспособное потомство и обеспечить элементарные условия для его существования» и т. д. Реконструкции истории биоценотической организации пока гораздо более произвольны и спорны, чем восстановление этапов филогенеза и макроэволюции, для чего имеются прямые доказательства в виде ископаемых остатков. Однако они бесспорно правомочны и нужны, так как ориентируют на поиски новых принципов и методов палеоэкологических и палеобиоценологических исследований.
Из приведенных выше высказываний различных авторов следует, что филоценогенез принципиально отличен от филогенеза — последовательной смены таксонов по мере эволюции. Сообщества, сменяющиеся в ходе геологической истории, не наследуют от предшествующих свойств своей структуры, а формируются из того материала, который им поставляет эволюция, в зависимости от условий данной местности. При этом сообщество более продвинутого типа, отражающее определенный этап филоценогенеза, возникает отнюдь не обязательно на месте предшествующего типа.
Сообщества одного типа могут возникнуть одновременно или разновременно на генетически единой или принципиально разных фаунистических и флористических базах. В этом и есть различие между процессом эволюции организмов и филоценогенезом. Сущность первого составляет генетическая преемственность, в основе второго лежит абсолютный полифилетизм.