Процессы флоро- и фауногенеза, являющиеся следствием видообразования, миграций, вымирания, вытеснения одним видом другого, определенным образом локализованы географически, что отражается в понятиях флористических и фаунистических комплексов и в принципах фаунистического (зоогеографического) и флористического (фитогеографического) районирования.
Главным критерием при выделении флористических и фаунистических категорий служит эндемизм, т. е. наличие на данной территории видов, родов или других таксонов, не встречающихся нигде более. Именно эндемики, их количество и систематический ранг указывают на степень обособленности флоро- и фауногенетических процессов, проходивших на данной территории. Такое районирование отражает не сходство современных условий и общего облика ландшафтов и сообществ, а степень самобытности, автохтонности эволюционных процессов.
Принципы исторического зоогеографического районирования успешно развивались зоологами Советского Союза применительно к его обширной территории. Большой вклад в решение этой проблемы внесли Л. С. Берг, М. А. Мензбир, А. П. Семенов-Тян-Шанский, П. П. Сушкин, В. Г. Гептнер, О. Л. Крыжановский, И. И. Пузанов, Я. И. Старобогатов, Б. К. Штегман и др. Аналогичное направление развивалось и ботаниками. Особенно много сделал в этом направлении Е. В. Вульф (1944). В последнее время ряд отечественных ученых указывает на фактическое тождество фито- и зоогеографического районирований и настаивает на необходимости слияния фито- и зоогеографии в единую биогеографию (Толмачев, 1974; Крыжановский, 1976). Предложен даже специальный термин, объединяющий понятия фаунистического и флористического комплексов — биофилота (Второв, Дроздов, 1978).
Процесс исторического преобразования сообществ растительного покрова, животного населения биоценозов Сукачев (1942) предложил называть филоценогенезом. Как отмечалось выше, Сукачев отказался от использования понятия филогенеза применительно к развитию сообществ, но все же здесь подразумевается аналогия с филогенезом (см.: Работнов, 1978). В качестве частных форм филоценогенеза, точнее его способов, Сукачев (1944, 1954) выделял селектогенез (группирование уже имеющихся видов в новые сообщества, смещение границ типов растительности, миграция видов и внедрение их в новые сообщества) и гологенез (длительные смены растительности и сообществ в целом под влиянием постепенного изменения географической среды).