В настоящий момент приходится констатировать множество неясностей в вопросе о соотношении понятий биологической эволюции, филогенеза и процессов временного преобразования сообществ.
Несмотря на признанную тесную связь синэкологии с эволюционным учением, биоценотические формы организации жизни выпадали из поля зрения эволюционистов. С давних пор воплощением всех основных свойств жизни считался организм. На организме концентрировалось внимание при обсуждении проблемы происхождения жизни, ее первичных форм и эволюции. Историческое развитие самих биоценозов рассматривалось по косвенным данным. Как отмечал К. М. Завадский (1966), этапы эволюции биоценозов обычно характеризуются по наиболее изученным палеонтологами группам организмов, а не по специфическим структурно-функциональным показателям, присущим именно этой форме организации жизни. По мнению А. М. Гилярова (1973), важно иметь в виду, что возникновение принципиальных особенностей структуры экосистем, вероятно, восходит к тому времени, о котором мы не можем судить по палеонтологическим данным.
С. С. Шварц (1973) считал, что пока еще невозможно подойти к решению проблемы развития собственно биоценотических форм жизни. Свою статью он назвал «Эволюция и биосфера», а все ее содержание свидетельствует о том, что автор считал преждевременным говорить об «эволюции биосферы». Так, он писал: «Эволюция организмов сопровождается изменением структуры и организации их сообществ, в конечном итоге — биосферы. Какова взаимосвязь между этими процессами? Автор не считает возможным даже подойти к решению этой проблемы во всей ее многогранности. Можно полагать, что время для этого еще не пришло. Но оно придет завтра» (с. 213).
Действительно, в вопросе о том, каковы факторы, механизмы и закономерности исторического преобразования сообществ и биосферы в целом (а биосфера несомненно лежит в ряду биоценотических форм организации жизни — Беклемишев, 1964б), пока еще много неясного. Неясна даже сама постановка вопроса. Например, правомочно ли (и в каком смысле) применять к процессу исторического преобразования сообществ термин «эволюция»?