Анализ кинетики реассоциации ДНК

Анализируя кривые реассоциации ДНК, можно получить данные об относительной численности различных фракций в геноме (так называемые «геноспектры»).

Так как геноспектры могут отличаться у близких видов и даже у внутривидовых форм, применение подобных методик в геносистематике и изучении эволюции генома весьма перспективно-. Однако его не стоит переоценивать: сходные кривые реассоциации ДНК наблюдались и у весьма отдаленных друг от друга форм — этот метод, как и рассмотренные нами ранее, может свидетельствовать о различии, но не о родстве.

Анализ кинетики реассоциации ДНК, фрагментированной на последовательности разной длины, позволяет получить важную информацию о распределении разных фракций ДНК в геноме. Показано, что повторяющиеся последовательности могут быть собраны в группировки (кластеры) или же интерспергированы между уникальными последовательностями (интерсперсы). Длина перемежающихся участков и их доля в геноме различны у разных организмов. После пионерских работ Э. Дэвидсона (Davidson, Hough, 1973) положение в этой проблеме казалось ясным: в отличие от прокариот, геномы которых сложены уникальными последовательностями, эукариоты имеют геномы, на 50—70% состоящие из чередования «уников» (средняя длина 1000—2000 пар оснований) с интерспергированными повторами в 300—500 пар оснований (за единицу измерения последовательностей в настоящее время принимают 1000 пар оснований, сокращенно кб). Этот тип строения генома впервые был описан у шпорцевой лягушки Xenopus и получил название Xenopus-like; впоследствии он же был описан у вьюна, морских ежей, комнатной мухи и человека. Странным исключением представлялось строение генома дрозофилы, в котором 70% было представлено чередованием длинных (5 кб) повторов с еще более длинными (15 кб) униками.

Однако исследования последних семи лет показали, что дело обстоит не так просто. Drosophila-Iike-тип был обнаружен у мотыля, пчелы и голубя; предел его, очевидно, примитивный грибок Achlya, 100% генома которого сложены чередованием длинных (27 кб) повторов с длинными же (135 кб) униками.