Деление органического мира на прокариот и эукариот и признание возможности симбиотического пути эволюции эукариотической клетки нашло отражение в филогенетических макросистемах органического мира, среди которых наиболее разработанной является четырехцарственная генеральная система, предложенная A. Л. Тахтаджяном (1973, 1974, 1976).
Весь органический мир делится на две большие группы организмов: надцарство Доядерные (Prokaryota) и надцарство Ядерные (Eukaryota). Надцарство прокариот включает лишь одно царство — Дробянки (Mychota), которое делится на подцарство Бактерий (Baderiobionta) и подцарство Цианеи (Cyanobionta). В надцарство эукариот входят три царства: Животные (Animalia), Грибы (Mycetalia) и Растения (Vegetabilia). В царство животных входят подцарство Простейшие (Protozoobionta) и подцарство Многоклеточные животные (Metazoobionta). Царство грибов включает подцарство Низшие грибы (Myxobionta) и подцарство Высшие грибы (Mycobionta), царство растений — подцарство Багрянки (Rhodobionta), подцарство Настоящие водоросли (Phycobionta) и подцарство Высшие растения (Embryobionta).
В заключение, можно сделать вывод, что разработка вопроса о роли симбиоза в эволюции теснейшим образом связана с отечественной эволюционной мыслью. Приоритет в создании концепции симбиогенеза принадлежит Фаминцыну и Мережковскому, которые почти одновременно и независимо сформулировали положение об эволюционном значении симбиоза. Ведущая роль в разработке проблемы, особенно на первых этапах ее развития, также принадлежит исследованиям отечественных ученых.
Для таких явлений, как эволюция лишайников, микоризы, симбиоорганов у растений и животных, симбиогенез — твердо установленный факт. Поэтому для них симбиоз является бесспорно важным фактором эволюции. Что касается эволюции такого крупного ствола филогенеза, как эукариоты, то современное состояние проблемы симбиогенеза позволяет признать участие симбиоза в качестве вероятного фактора их эволюции.