Современный этап в развитии проблемы симбиогенеза начинается с 60-х годов нашего столетия.
В этот период предпринимается попытка пересмотреть эволюционный смысл явления симбиоза на основе накопленного в разных областях биологии нового фактического материала с учетом современных знаний о механизмах и закономерностях эволюционного процесса. В свою очередь это позволило по-новому оценить значение и ранее полученных данных.
К числу безупречных свидетельств эволюции путем симбиоза относятся результаты исследования большого таксона растений — лишайников. Особую ценность среди этих материалов представляют данные по изучению путей эволюции слизистых лишайников, полученныё еще в 20-х годах (Еленкин, 1912, 1922а, 1922б, 1922в; Данилов, 1929; Голлербах, 1928, 1930), но теоретическое значение которых было в полной мере осмыслено только в настоящее время (Голлербах, Седова, 1974; Хахина, 1979).
Путем сравнительно-морфологического анализа преобразования внешнего облика слоевища слизистых лишайников и характера взаимоотношений между их компонентами был выявлен последовательный ряд ступеней интеграции синезеленых водорослей из рода Nostoc с гифами гриба, эндофитирующего внеклеточно в слизи этих водорослей. Изучение этого ряда, включающего формы Leptogium issatschenkoi, Collema ramenskii, Saccomorpha arenicola, Pseudoperitheca murmanica, показало, что эволюционный переход от взаимоотношений гриба и водоросли как компонентов биоценоза в качественно отличное состояние — организм лишайника — определяется последовательным возрастанием и совершенствованием связи между этими формами. Было показано, что возникновение настоящего лишайника — это эволюционное изменение биоценотических отношений, в результате которого на базе компонентов симбиоза возникает новый комплексный организм, т. е. идет процесс симбиогенеза.
К числу данных, прямо свидетельствующих в пользу симбиогенеза, должны быть отнесены результаты исследования наиболее продвинутых форм эндоцианозов (внутриклеточных симбиозов синезеленых с бесцветными водорослями). Значение таких, находящихся на высшей ступени развития, эндоцианозов определяется тем, что связь между компонентами и глубина их интеграции достигают столь высокой степени, что симбиотический комплекс, преобразуясь, предстает в качестве единого одноклеточного организма.