Весьма критическое отношение концепция симбиогенеза встретила со стороны П. А. Генкеля (Генкель, Южакова, 1936; Генкель, 1938, 1946, 1949, 1976).
Один из интересовавших его вопросов — методологические аспекты концепции. Генкель полагал, что гипотеза симбиогенеза не может быть признана правильной, поскольку неверны методологические принципы, на которых она была построена (1936, с. 317). Механистичность концепции он усматривал в том, что процесс эволюции сводился к простому комбинированию ряда элементарных существ. На самом же деле гипотеза симбиогенеза, поставив вопрос о разных способах усложнения организмов, приблизилась к действительно диалектическому пониманию путей и факторов развития органического мира (Завадский, 1967).
Несмотря на то что концепция симбиогенеза была подвергнута Генкелем резкой критике, объективно его работами и работами его сотрудников был сделан определенный вклад в ее разработку. Прежде всего это касается данных, которые более глубоко, чем было установлено ранее, раскрывали сложную природу лишайникового симбиоза (Генкель, Южакова, 1936; Генкель, 1946; Генкель, Плотникова, 1973). Генкель предложил важное понятие «симбиоморфоз», которое ценно тем, что отражает существование в природе сложных комплексных организмов, представляющих симбиотическую форму интеграции нескольких разнородных особей. Это понятие фиксирует также то, что основой симбиотических организмов является наличие единого обмена веществами между компонентами и способность размножаться как единое целое. Тем самым понятие симбиоморфоз приводит к признанию реальности эволюционного процесса, где ведущим фактором выступает симбиоз организмов.
Таким образом, на протяжении 20—30-х годов были критически обсуждены морфофизиологические, генетические, методологические аспекты концепции симбиогенеза. Была подготовлена база для дальнейшей разработки концепции и очерчены основные пути ее развития.