Большие усилия были предприняты Козо-Полянским для обоснования проблемы симбиогенеза с фактической стороны. Ученый сосредоточил внимание на нескольких группах фактов.
Первая группа фактов указывает на существование многочисленной группы примитивных организмов (бактерий и синезеленых водорослей), не имеющих еще обычного клеточного строения, и на способность их к симбиотическим процессам (к образованию консорциев). Последнее обстоятельство представляло особый интерес для теории симбиогенеза, так как зооглеи-консорции могли бы служить хорошими моделями настоящих (или, как бы сказали теперь, эукариотических, — Л. X.) клеток. В книге «Новый принцип биологии. Очерк теории симбиогенеза» (1924) Козо-Полянский привел много примеров существования в природе зооглей-консорциев, особо подчеркивая при этом то обстоятельство, что первоначально все они были описаны в качестве самостоятельных организмов и только в дальнейшем, после тщательного исследования, была обнаружена их симбиотическая природа.
Вторая группа фактов относится к клетке и ее органоидам. Было использовано много данных, свидетельствующих, с одной стороны, о высокой физиологической самостоятельности органоидов клетки, а с другой — об их сходстве с бактериями и синезелеными водорослями. Обобщая материалы, касающиеся структурных и функциональных особенностей отдельных органоидов клетки, Козо-Полянский заключает: «Клетка представляет собой собрание разнородных, автономных жизненных единиц... ведущих симбиотический образ жизни» (1924, с. 63); органоиды клетки представляют собой результат «присоединения и внедрения со стороны перед тем автономных и ведущих самостоятельное существование жизненных единиц».
Третья группа фактов, приводимая Козо-Полянским для обоснования концепции симбиогенеза, относится к существованию в природе комплексных, «суммарных» организмов и наличию у растений и животных симбиотканей и симбиоорганов (мицетомов). Таковы, например, лишайники и губководоросли (Spongocladia), железы у Anthoceros laevis. слизевые железы листа у Azolla caroliniana, железы на надземном стебле и корневище у представителей всех видов рода Gunnera, листовые железы у представителей сем. мирсиновых и мареновых, повторно ветвящиеся коралловидные органы у форм всех родов саговников и т. д. Козо-Полянский приводит также примеры существования симбиотканей и симбиоорганов у насекомых, которые имеют отношение к функции пищеварительного аппарата, полового аппарата, а также органы свечения.