В связи с этим возникла необходимость пересмотра традиционных филогенетических схем и создание новой общей системы органического мира.
Мережковский считал, что существует три царства организмов: микоиды, растения и животные. Право на выделение царства микоидов давало то, что бактерии, грибы и цианеи, входящие в эту группу, не были результатом симбиоза и развивались из самых первых организмов — бактерий. Царства же растений и животных возникли в результате сим биоза, причем животные — путем простого, а растения — двойного симбиоза. Однако, признавая реальность царства растений и царства животных, Мережковский считал, что такое деление является недостаточным.
По его мнению, у ныне живущих организмов имеются значительно более фундаментальные отличия, чем те, по которым различаются между собой высшие растения и высшие животные. Они касаются внутреннего строения их клеток. Если сравнивать организмы по строению клетки, то растения и животные окажутся значительно более схожими, чем, например, цианеи и настоящие водоросли. И поэтому, если воспользоваться таким признаком, как тип строения клетки, то растения и животные должны оказаться в одной систематической группе.
Таким образом, Мережковский впервые в отчетливой форме поставил вопрос о существовании в природе двух больших самостоятельных групп организмов: прокариотов и эукариотов — и пришел к заключению, что единственно возможной причиной возникновения сложной организации клетки был симбиоз. Применяя современную терминологию, эту мысль Мережковского можно выразить так: эндосимбиоз был ведущим фактором, под воздействием которого из первичной прокариотической клетки возникла клетка эукариотов.
В 1909 г. Мережковский для обозначения способа эволюции путем симбиоза предложил специальный термин «симбиогенез». Более развернутое его определение он дал позднее. «Я назвал этот процесс симбиогенезом, что означает: происхождение организмов путем комбинации или соединения двух или многих существ, вступающих в симбиоз» (1920, с. 65).