Другую основу гипотезы симбиогенеза составила «теория двух плазм». Мережковский предположил, что вся органическая природа состоит из двух различных по своим свойствам плазм.
Первая, названная им микоплазмой, характерна для всех бактерий, грибов (за исключением фикомицетов), цианофицей (синезеленых водорослей), а также для хроматофоров и ядра. Все другие растения и животные состоят из амебоплазмы, хотя, в их клетки входит и микоплазма, представленная у животных в ядре, а у растений — в ядре и пластидах. О наличии в природе двух плазм свидетельствовали принципиально качественные отличия, которыми обладали их носители.
Собрав, как он считал, достаточные свидетельства различий между двумя большими группами организмов (Mycoidei и Amoeboidei — по терминологии автора), Мережковский предположил далее, что первые носители микоплазмы и амебоплазмы возникли независимо и в разные эпохи истории земли. Первыми организмами, состоявшими из микоплазмы, были бактерии. С течением времени из первичных простых биококков образовались более крупные и сложные формы бактерий, а также высокоорганизованные группы организмов — грибы и цианеи.
Амебо-плазма появилась позднее в виде маленьких «безъядерных монер», амебообразно передвигавшихся и питавшихся бактериями. В большинстве случаев эти бактерии переваривались монерами, но попадались среди биококков и такие, которые обладали способностью противостоять им. Эти бактерии оставались жить внутри монер и образовали с ними симбиоз. Амебоидные монеры и бактерии, вступив в симбиоз и образовав в физиологическом отношении единый самостоятельный организм, привели к возникновению клетки с оформленным ядром.
Этот симбиоз дал начало флагеллятам и амебам — исходным формам всего животного царства. Однако в процессе эволюции осуществился еще второй этап симбиоза: произошло внедрение в амебы и флагелляты новых представителей микоидов — цианей, эволюировавших из первичных бактерий и ко времени вступления в сожительство давших уже большой веер разнообразных форм. Этот симбиоз привел к образованию нескольких самостоятельных и возникших независимо друг от друга ветвей растительного царства. Таким образом, из «теории двух плазм» естественно вытекало признание симбиоза в качестве главного механизма происхождения и эволюции организмов.