История проблемы симбиогенеза включает четыре основных этапа. Первый этап охватывал время с конца 60-х годов XIX в. до 1905— 1907 гг.
Этот период характеризовался многолетними экспериментальными работами по симбиозу и основанными на них эволюционно-теоретическими представлениями А. С. Фаминцына, а также работами К. С. Мережковского, в которых была подготовлена база для формирования гипотезы симбиогенеза. Второй этап (с 1905—1907 гг. до начала 20-х годов) был связан с разработкой фактической и логической аргументации в пользу гипотезы симбиогенеза, более полной разработкой самой гипотезы и первой систематической ее критикой со стороны А. А. Еленкина.
Главной особенностью первых двух этапов было то, что симбиоз рассматривался как фактор эволюции, дополняющий факторы, открытые Ч. Дарвином, и позволяющий с новой стороны подойти к объяснению усложнения организмов в прогрессивной эволюции. Основным содержанием третьего этапа истории проблемы (начало 20-х—конец 30-х годов XX в.) было соединение учения о симбиогенезе с дарвинизмом: принцип естественного отбора был положен в основу представления об эволюции путем симбиоза (работы Б. М. Козо-Полянского). В эти же годы в разных областях ботаники были критически рассмотрены отдельные стороны проблемы симбиогенеза и заложены главные направления ее дальнейшего исследования. Следующие два десятилетия (40—50-е годы) отмечены паузой в разработке проблемы. Начало четвертого, современного, этапа датируется 60-ми годами, когда была предпринята попытка на основе нового фактического материала и с позиции современной теории эволюции пересмотреть значение симбиогенеза.
Учитывая большое значение для обоснования идеи симбиогенеза работ отечественных ботаников Фаминцына (1835—1918) и Мережковского (1855—1921), деятельность которых захватывает как дореволюционныи период, так и первые годы Советской власти, мы сочли необходимым более подробно рассмотреть их взгляды на эволюционную роль симбиоза, несколько нарушая при этом хронологические рамки, которые охватываются данной монографией.