При анализе проблемы монофилии необходимо поэтому различать аспекты, связанные с логикой и методом исследования эволюции, и собственно ход эволюции.
Как вытекает из изложенного выше, попытки решения проблемы касались трех уровней: моно- или полифилия в происхождении видов, надвидовых таксонов и всего органического мира (эти уровни отмечает также Л. П. Татаринов, 1976а, с. 203). Решение последнего вопроса пока недоступно. Реальный ход эволюции можно описать, следуя за Дарвином, как процесс расщепления на виды и накопления эволюционных различий между видами, их группами и т. д. Как следствие этих процессов возможна только монофилия, причем, учитывая популяционный характер видообразования, только в классическом ее варианте. Ноева монофилия в принципе может иметь место для клональных видов, однако четкие примеры доказательства происхождения клонального вида от одной предковой особи нам неизвестны.
Признание ноевой монофилии для бисексуальных видов в наше время (Ивановский, 1976, с. 25) можно охарактеризовать как «реликтовое» проявление сугубо организмоцентрического подхода. Частью реального природного процесса эволюции является также гибридогенное видообразование (и обмен генетической информацией между видами в разных его проявлениях), иначе говоря, гибридогенная полифилия. Возможно, реальна также симбиогенная полифилия как отражение теоретически вполне допустимого симбиогенеза. Однако этот тип эволюции многими оспаривается.
Эти три аспекта моно- или полифилии, являющиеся отражением реальных природных процессов, неравноценны как по своему типу, так и по эволюционному масштабу. Монофилия и гибридогенная полифилия связаны с генетической преемственностью видов, тогда как симбиогенная полифилия отражает скорее «ценотический» аспект. Гибридогенная полифилия распространена на уровне видов и групп видов (родов у бактерий), монофилия — на уровне видов и надвидовых таксонов, вплоть до самого высокого ранга, симбиогенная полифилия предполагается для таксонов на уровне царств или надцарств (растения, Eucaryota) или класса-отдела (лишайники).
Все остальные типы полифилии, включая микрополифилию, являются сугубо логическими понятиями, связанными с ошибочными теориями (ортополифилия), с недостаточным эволюционным анализом группы и признаков (конвергентная полифилия) или с принципиальными трудностями сегодняшней систематики (невозможность с помощью формальной логики систематики описать динамику исторического развития организмов — подробнее см.: Скарлато, Старобогатов, 1974; Татаринов, 1976а, 1977).