Основные положения проблемы были изложены более 100 лет назад, а частично (гибридогенная полифилия) и значительно ранее.
С тех пор попеременно доминировали то сторонники монофилии, то сторонники полифилии. Большое значение для преобладания того или иного взгляда имели общее укрепление или ослабление дарвинизма, типологический или популяционный подход, успехи генетики и палеонтологии. Трудно дать количественную оценку развития проблемы, так как к публикации общих работ склонно, как правило, лишь относительно небольшое число теоретизирующих биологов. Кроме того, многие, если их точка зрения была достаточно традиционной, не опубликовывали ее, образуя «молчаливое» большинство. В то же время не многочисленная, но активная оппозиция может вызвать при историческом анализе смещенную в ее пользу количественную оценку. С учетом всех этих «подводных камней», все же, по-видимому, не будет ошибкой утверждение, что большинство отечественных эволюционистов придерживалось и придерживается концепции классической монофилии.
Помимо идейных убеждений (у ортодоксальных антидарвинистов-полифил истов), часть эволюционистов приходила к полифилии из-за некоторых особенностей изучения филогении. Анализ родственных взаимоотношений между таксонами неизбежно производится путем анализа признаков или их комплексов. Увлеченность какими-либо признаками, разная скорость «эволюции» признаков, конвергентное или параллельное развитие их часто приводили к обнаружению полифилии признаков и соответственно тех таксономических групп, которые были логически выделены по этим признакам.
Значительные трудности доставляет ретроспективный подход к изучению эволюции. Группа, четко очерченная в современной фауне или флоре, теряет свою таксономическую ясность, границы ее становятся размытыми при накоплении богатого палеонтологического материала по переходным к ней формам. Превосходны пример этого представляет становление млекопитающих (Татаринов, 1977). Однако все это — методические трудности. Полифилия признаков не означает еще полифилетической эволюции.