В последние два десятилетия благодаря успехам в области изучения филогенеза позвоночных вновь оживилось обсуждение вопроса о монополифилии в связи с параллелизмами.
Многие палеонтологи и зоологи выступили с доводами, указывающими на происхождение наземных позвоночных или их отдельных классов (или более мелких таксономических групп) несколькими параллельными линиями (обсуждение проблемы см.: Шмальгаузен, 1959, 1964; Татаринов, 1959, 1970, 1976; Gross, 1964; Воробьева, 1966, 1977). Учитывая принципиальную сложность этой проблемы, Дж. Г. Симпсон (Simpson, 1961, р. 120—125) пришел к выводу о необходимости расширить понятие монофилии, так как строгая (классическая) трактовка неприложима на практике.
В его понимании «моыофилия — это происхождение таксона одной или более линиями... от одного непосредственно предкового таксона того же самого или более низкого ранга» (ibid., р. 124). Это определение поддержали В. Герре (Негге, 1964, S. 87), Э. Майр (1971, с. 94—96), а также некоторые советские авторы (Воронцов, 1966, 1967; Тимофеев-Ресовский, Воронцов, Яблоков, 1969; Цвелев, 1973, 1975б; Яблоков, Юсуфов, 1976). Теоретически считая возможной лишь классическую монофилию, на практике А. Ремане (Remane, 1964, S. 47) также советует использовать «широкую» монофилию, или, по выражению X. Смита, «микрополифилию» (Smith, 1967). Каковы же теоретические основы такого понимания монофилии?
Майр пишет: «Это не полифилия, поскольку генотип, делающий возможным эти параллельные эволюционные изменения, восходит к той же самой предковой программе» (1971, с. 15). Созвучно по содержанию и следующее высказывание: «Ясно, что у родственных видов, родов, семейств сохраняются общие, гомологичные гены и целые группы генов и они могут гомологично мутировать. В сходных условиях существования вектор отбора может быть сходным и приведет к сохранению гомологичных мутаций, возникающих у ранее дивергировавших по другим признакам форм. Называть такую группу родственных форм полифилетичной нет оснований» (Тимофеев-Ресовский и др., 1969, с. 238).