В ряде случаев вместо предполагаемой полифилии групп имеет место лишь конвергентное монофилетическое развитие.
Переходя к обоснованию монофилетической теории, Северцов (там же, с. 116—117) выступал против «ультрамонофилии», признающей в качестве предков лишь пару особей, и защищал принцип классической монофилии. Доказывая дивергентный характер эволюции, Северцов (1939, с. 117) в то же время отмечал, оставаясь объективным: «... сближаются ли они (филогенетические линии, — Л. Б.) между собой настолько, что мы действительно можем говорить об одном первичном прародительском виде, — об этом в точности мы еще не знаем ничего», однако вся совокупность данных говорит в пользу дивергентной монофилетической эволюции.
Шмальгаузен (1938, с. 3) решительно подчеркнул, что «эволюируют не отдельные признаки, а целые организмы», и в этой связи подверг резкой критике антидарвиновское понимание макроэволюции (1939), свойственное многим сторонникам принципа полифилии. По его мнению (1935, с. 849, 1946а, с. 445), полифилия есть лишь выражение несовершенства классификации организмов. В случае полифилетического характера какой-либо группы за счет конвергенции ее надо признать искусственной и разбить на монофилетические группировки. Признание полифилии как результата параллельного развития, по мнению Шмальгаузена, не оправдано, так как параллелизмы отражают близкое родство организмов и осуществляются после некоторой начальной дивергенции.
Следовательно, они подтверждают монофилию, если только пе понимать ее узко, так как параллельные пучки всегда происходят все же от одного какого-то родоначального вида. Шмальгаузен (1935, 1946а) отверг идею возникновения новых видов от одной или немногих особей. В процессе эволюции преобразовываются и дифференцируются всегда целые популяции скрещивающихся между собой особей, поэтому родство этих особей имеет сетчатый характер. Однако о сетчатом родстве можно говорить лишь до тех пор, пока продолжаются скрещивания, т. е. только внутри вида, а пе за его пределами. В этой трактовке мопофилии явно видно различие между популяционным и организмоцентрическим (ср. взгляды Соболева) подходами.
Работы Северцова и Шмальгаузена несомненно имели принципиальное значение для утверждения дарвиновского понимания монофилетической эволюции. Очень важной была не только критика непосредственно самого принципа полифилии, но также и концепция «ноевой» монофилии, которую приписывали дарвинистам сторонники полифилетической эволюции. Вместе с тем следует отметить, что проблема соотношения монофилии и параллельной эволюции не получила однозначного разрешения. В этой связи можно указать на критику Шмальгаузеном (1964) гипотезы о происхождении наземных позвоночных от двух групп кистеперых рыб, являющейся, по его мнению, полифилетической. Однако, исходя из его теоретических представлений, даже эту гипотезу можно было бы считать монофилетической, так как в конечном счете обе группы кистеперых происходят от одного общего предка (Татаринов, 1976а).