Теория номогенеза встретила справедливую резкую критику со стороны многих дарвинистов (Иванцов, 1923; Козо-Полянский, 1923; Теория номогенеза, 1928, и др.).
Берг ошибочно понимал монофилию только как происхождение от пары особей (ноева монофилии), а не в виде классической монофилии. Сходство организмов, по Бергу, вторично, а различия первичны. Однако чем вызвано существование глубоких различий уже в период появления первичных форм, остается необъясненным.
Признание господства конвергенции над дивергенцией, считали Н. А. Иванцов (1923, с. 75) и И. И. Шмальгаузен (1939, с. 107), означало бы постепенное сужение разнообразия в ходе эволюции как отдельных таксономических групп (что имело место в ряде случаев), так и всего органического мира. Однако такой вывод не подтверждается данными палеонтологии. Обнаружение полифилетической природы тех или иных таксономических групп говорит лишь о несовершенстве прежних и накоплении новых знаний.
Несмотря на обилие фактов, проблема моно- и полифилии решалась Бергом в известной мере умозрительно, так как полифилия отдельных групп не говорит еще о полифилии всего органического мира. Даже Ю. А. Филипченко (1926, с. 226), явно сочувствующий автогенетическим концепциям, признавал, что номогенез Берга, «... особенно его идеи о полифилетизме и конвергентном развитии едва ли особенно убедительны». Сам Берг (1922б, с. 238), допуская множественность корней для отдельных групп растительного и животного царства, «всецело» поддерживал «необходимость дробления рода до того предела, когда все гетерогенные виды будут из него удалены» (курсив мой, — Л. В.) (там же, с.234).Но «раскассирована» сборных полифилетических групп на монофилетические — обычный прием систематиков-монофилистов.