Отечественные исследователи также по-разному решали проблему моно- и полифилии.
Активная пропаганда дарвинизма К. А. Тимирязевым, работы А. О. и В. О. Ковалевских и других убежденных дарвинистов были важным вкладом в развитие идеи монофилетического происхождения групп самого разного таксономического ранга, хотя сами авторы часто специально на этом вопросе не останавливались. Вместе с тем, например, А. Ф Миддендорф (1869) и И. Ф. Шмальгаузен (1874, с. 113) полагали, что в некоторых случаях виды могут образовываться путем гибридизации.
Согласие же Н. Я. Данилевскому (1885, с. 284—291), одному из наиболее известных отечественных антидарвинистов, одновременное существование низших и высших организмов можно объяснить, лишь принимая неоднократное («полигенетическое») зарождение «простейших одноячеистых существ». Если же признавать монофилетическое развитие (по схеме Дарвина) и генеалогическую иерархию групп организмов, то объяснить это можно, только допуская эволюцию без отбора, идущую закономерно, по предустановленному и предопределенному направлению и плану.
Н. А. Холодковский (1888, с. 132—134), критикуя крайние полифилетические взгляды Келликера, указывал, что этот автор неправильно истолковывал основные положения теории Дарвина, что полифилия вполне возможна как «развитие, при котором сходство разноплеменных форм объясняется происхождением их из сходных же, хотя и не вполне одинаковых источников». Так, большинство зоологов принимают, что Arthropoda возникли из двух-трех разных источников. Согласно Холодковскому, с развитием наших знаний число полифилетических групп будет увеличиваться и принципу полифилии предстоит сыграть важную роль в эволюционной теории; он не только не подрывает учение Дарвина, а, напротив, укрепляет его на более широких основаниях.
Ботаники А. Н. Бекетов (1896, с. 8—11) и В. М. Арциховский (1912, с. 542—543), а также сравнительный анатом Ю. А. Белоголовый (1911, с. 157) высказывались в пользу полифилетического возникновения первичных организмов, хотя и занимали в целом разные позиции в вопросе о моно- и полифилии. Так, Бекетов считал, что «полифилетические группы не представляют ничего рационального я, собственно говоря, ничего общего с настоящими родами, в эволюционном смысле, не представляют. Это указывает только на крайнюю слабость наших знаний» (с. 13). С точки зрения Белоголового и Арциховского, параллельное развитие первичных существ объясняет сходство групп организмов, и, таким образом, монофилетичность совершенно невероятна. К представлениям о полифилетическом образовании систематических единиц и сетчатом строении органического мира приходит палеонтолог Д. Н. Соболев (1914), о чем будет подробнее сказано ниже.
Оригинальная концепция симбиогенеза, выдвигающая «формативный» симбиоз в качестве важного фактора эволюции, была разработана А. С. Фаминцыным и К. С. Мережковским (см. гл. 29). Неизбежным следствием ее является признание полифилетического происхождения крупных таксонов органического мира. Согласно Мережковскому (1910. с. 69—70), растения возникли путем симбиоза не менее чем 7—8 линиями. Учитывая специфику концепции, такое понимание путей образования таксонов можно назвать симбиогенной полифилией.
С критикой сторонников полифилии и в защиту дивергентной монофилетической эволюции выступил А. Н. Северцов (1914).
Таким образом, в дореволюционной России, как и за рубежом, были представлены практически все главные варианты трактовки проблемы моно- и полифилии.