Изменение типа эмбриогенеза — важное условие эволюционного прогресса. Совершенство органов чувств, центральной нервной системы, органов движения головоногих моллюсков, позволившее им овладеть обширным ареалом, связывается Шмидтом с пеличиночным типом эмбриогенеза.
Появление вторичного, свободного личиночного эмбриогенеза открыло новые перспективы эволюции у насекомых. Превращение свободного личиночного эмбриогенеза в неличиночный, сопровождавшееся формированием аллантоиса и амниона, сыграло существенную роль при переходе от анамний к амниотам.
Наконец, вся проблема эволюции онтогенеза была монографически обсуждена Г. П. Коротковой (1979). Созданная ею широкая картина охватывает этап возникновения биологической индивидуальности и онтогенеза, эволюцию онтогенеза у прокариотических живых систем и одноклеточных эукариотов, происхождение многоклеточности и полового размножения, эволюцию онтогенеза у многоклеточных растений и животных. Первичные онтогенезы возникли на основе делимости первичных бионтов. У одноклеточных эукариотов вариабельность отдельных стадий жизненного цикла уменьшается, жизненный цикл в целом становится более автономным. Считая ограниченными теории как колониального, так и неколониального происхождения многоклеточности, Короткова предложила с вниманием отнестись к гипотезам, которые допускают существование параллельных и независимых путей формирования многоклеточности. Подобные гипотезы не противоречат, по ее убеждению, идее монофилии, поскольку общность происхождения не отвергается, но мыслится не на основе преемственности какого-то одного типа организации, одного жизненного цикла, а на основе преемственности общего механизма формирования многоклеточности и общности механизмов перестройки морфогенеза.
Принципиальное значение имеет выдвигаемое Коротковой положение, согласно которому онтогенез изменялся в ходе эволюции не путем надставки новых стадий развития к жизненному циклу одноклеточных форм, а в результате изменения морфогенетических способов расчленения организма и преобразования всех периодов жизненного цикла. Существенно также утверждение Коротковой, что общие закономерности эволюции онтогенеза едины для животного и растительного мира. Эволюция онтогенеза не укладывается в линейную схему, этому процессу больше соответствует схема сетевого, разнонаправленного способа преобразования морфогенеза. Среди процессов, сопровождающих эволюцию онтогенеза, она выделяет и анализирует эволюцию регуляторных процессов (1968).