Теория филэмбриогенеза связала рекапитуляцию с одним определенным способом эволюции — с анаболией — и показала, что другие способы — девиация и архаллаксис ограничивают проявление биогенетического закона.
Тем самым была показана необоснованность отождествления биогенетического закона и теории рекапитуляции и несостоятельность полного отказа от биогенетического закона.
Теория филэмбриогенеза была существенно дополнена благодаря приложению ее к процессам регрессивной эволюции. Обнаружив, что существует два способа редукции органов — рудиментация и афанизия, Северцов установил связь этих явлений с модусами филэмбриогенеза. Оказалось, что рудиментация происходит путем отрицательного архаллаксиса, а афанизия — путем отрицательной анаболии и отрицательной девиации. После разработки идеи отрицательного филэмбриогенеза Северцов писал: «Теперь мы действительно имеем право сказать, что теория филэмбриогенеза способна объяснить нам ход развития органов как при прогрессивной, так и при регрессивной эволюции этих животных» (1949, с. 477).
Установив существование разнообразных способов филогенетической перестройки онтогенеза, Северцов раскрыл смысл этого явления. Если Геккель придерживался точки зрения, что эволюционное новообразование возникает путем надставки стадий онтогенеза, а Г. де Вер позже склонялся к тому, что таким путем является девиация, то Северцов пришел к заключению, что модус филэмбриогенеза находится в прямой зависимости от темпа эволюции, определяет темп филогенетического развития. По предположению Северцова, архаллаксис является способом относительно быстрой эволюции органа и источником филогенетического новообразования; анаболия — способом очень медленного эволюционного преобразования, тогда как девиации принадлежит среднее место между архаллаксисом и анаболией. Эволюция путем анаболии приводит к изменению отдельных признаков в специализированных органах, изменению отдельных частей органа и филогенетически молодых признаков.